丙肝病毒感染后，尤其已是肝硬化者，发生肝癌的危险性就增加。国外报道，美国及西欧的原发性肝细胞癌（HCC）患者中45%~69%与丙肝病毒感染有关。在日本，丙肝病毒与肝癌的关系比乙肝病毒更重要。我国台湾在原发性肝癌患者中，查出丙肝抗体（抗-HCV）的阳性率为19%~23.5%；大陆报告为8.0%；我国一项研究发现，肝癌组织中确有丙肝病毒的存在和复制。丙肝病毒和乙肝病毒同时存在具有协同致癌作用的可能性。在我国由乙肝病毒整合到宿主肝细胞染色体上引起致癌发生者是第一位的，约1/2缺乏乙肝病毒免疫标志的肝癌发生可能与丙肝病毒感染有关。
    发生肝癌的危险性主要与肝硬化有关，慢性丙型肝炎持续很多年后可发展为肝硬化；凡丙型肝炎反复活动，血清转氨酶水平经常或持续不正常，病毒多次变异的患者容易促进肝硬化的发生。在丙型肝炎病例中，迅速发展为肝硬化者很少；而在原发性肝癌中午肝硬化者乃属罕见。另外，丙肝病毒还可能通过其它未知机制促使肿瘤形成，并且在出现明显的肝癌体征之前，患者可以无任何症状。
    丙型肝炎在多年后可发展为肝硬化，甚至发生肝细胞癌。急性丙型肝炎一定要转为慢性后才可能发展为肝组织纤维化、肝硬化、肝癌，迅速恶性变者约要历时13~17年，缓慢恶心变者需25年或更长。定期检查丙型肝炎患者的血清丙氨酸氨基转移酶及胎甲球水平，对了解病毒血症和病变活动情况以及对预防肝硬化、肝癌的发生时很有必要的。